Reductions in intestinal Clostridiales precede the development of nosocomial Clostridium difficile infection
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Antimicrobial use is thought to suppress the intestinal microbiota, thereby impairing colonization resistance and allowing Clostridium difficile to infect the gut. Additional risk factors such as proton-pump inhibitors may also alter the intestinal microbiota and predispose patients to Clostridium difficile infection (CDI). This comparative metagenomic study investigates the relationship between epidemiologic exposures, intestinal bacterial populations and subsequent development of CDI in hospitalized patients. We performed a nested case-control study including 25 CDI cases and 25 matched controls. Fecal specimens collected prior to disease onset were evaluated by 16S rRNA gene amplification and pyrosequencing to determine the composition of the intestinal microbiota during the at-risk period. RESULTS: The diversity of the intestinal microbiota was significantly reduced prior to an episode of CDI. Sequences corresponding to the phylum Bacteroidetes and to the families Bacteroidaceae and Clostridiales Incertae Sedis XI were depleted in CDI patients compared to controls, whereas sequences corresponding to the family Enterococcaceae were enriched. In multivariable analyses, cephalosporin and fluoroquinolone use, as well as a decrease in the abundance of Clostridiales Incertae Sedis XI were significantly and independently associated with CDI development. CONCLUSIONS: This study shows that a reduction in the abundance of a specific bacterial family - Clostridiales Incertae Sedis XI - is associated with risk of nosocomial CDI and may represent a target for novel strategies to prevent this life-threatening infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».