Comparative Genetics of the rdar Morphotype in<i>Salmonella</i>
Notice bibliographique
Résumé
The Salmonella rdar morphotype is a distinct, rough and dry colony morphology formed by the extracellular interaction of thin aggregative fimbriae (Tafi or curli), cellulose, and other polysaccharides. Cells in rdar colonies are more resistant to desiccation and exogenous stresses, which is hypothesized to aid in the passage of pathogenic Salmonella spp. between hosts. Here we analyzed the genetic and phenotypic conservation of the rdar morphotype throughout the entire Salmonella genus. The rdar morphotype was conserved in 90% of 80 isolates representing all 7 Salmonella groups; however, the frequency was only 31% in a reference set of 16 strains (Salmonella reference collection C [SARC]). Comparative gene expression analysis was used to separate cis- and trans-acting effects on promoter activity for the 16 SARC strains, focusing on the 780-bp intergenic region containing divergent promoters for the master regulator of the rdar morphotype (agfD) and the Tafi structural genes (agfB). Surprisingly, promoter functionality was conserved in most isolates, and loss of the phenotype was due primarily to defects in trans-acting regulatory factors. We hypothesize that trans differences have been caused by domestication, whereas cis differences, detected for Salmonella enterica subsp. arizonae isolates, may reflect an evolutionary change in lifestyle. Our results demonstrate that the rdar morphotype is conserved throughout the salmonellae, but they also emphasize that regulation is an important source of variability among isolates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».