Major events in the genome evolution of vertebrates: Paranome age and size differ considerably between ray-finned fishes and land vertebrates
Notice bibliographique
Résumé
It has been suggested that fish have more genes than humans. Whether most of these additional genes originated through a complete (fish-specific) genome duplication or through many lineage-specific tandem gene or smaller block duplications and family expansions continues to be debated. We analyzed the complete genome of the pufferfish Takifugu rubripes (Fugu) and compared it with the paranome of humans. We show that most paralogous genes of Fugu are the result of three complete genome duplications. Both relative and absolute dating of the complete predicted set of protein-coding genes suggest that initial genome duplications, estimated to have occurred at least 600 million years ago, shaped the genome of all vertebrates. In addition, analysis of >150 block duplications in the Fugu genome clearly supports a fish-specific genome duplication (approximately equal to 320 million years ago) that coincided with the vast radiation of most modern ray-finned fishes. Unlike the human genome, Fugu contains very few recently duplicated genes; hence, many human genes are much younger than fish genes. This lack of recent gene duplication, or, alternatively, the accelerated rate of gene loss, is possibly one reason for the drastic reduction of the genome size of Fugu observed during the past 100 million years or so, subsequent to the additional genome duplication that ray-finned fishes but not land vertebrates experienced.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».