Rampant polyuridylylation of plastid gene transcripts in the dinoflagellate Lingulodinium
Notice bibliographique
Résumé
Dinoflagellate plastid genes are believed to be encoded on small generally unigenic plasmid-like minicircles. The minicircle gene complement has reached saturation with an incomplete set of plastid genes (18) compared with typical functional plastids (60-200). While some of the missing plastid genes have recently been found in the nucleus, it is still unknown if additional genes, not located on minicircles, might also contribute to the plastid genome. Sequencing of tailed RNA showed that transcripts derived from the known minicircle genes psbA and atpB contained a homogenous 3' polyuridine tract of 25-40 residues. This unusual modification suggested that random sequencing of a poly(dA) primed cDNA library could be used to characterize the plastid transcriptome. We have recovered only 12 different polyuridylylated transcripts from our library, all of which are encoded on minicircles in several dinoflagellate species. The correspondence of all polyuridylylated transcripts with previously described minicircle genes thus supports the dinoflagellate plastid as harbouring the smallest genome of any functional chloroplast. Interestingly, northern blots indicate that the majority of transcripts are modified, suggesting that polyuridylylation is unlikely to act as a degradation signal as do the heterogeneous poly(A)-rich extensions of transcripts in cyanobacteria and other plastids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».