Identification of <i>Monilinia fructigena, M. fructicola, M. laxa</i>, and <i>Monilia polystroma</i> on Inoculated and Naturally Infected Fruit Using Multiplex PCR
Notice bibliographique
Résumé
Monilinia fructigena, M. fructicola, M. laxa, and Monilia polystroma each have a different regulatory status. To monitor imported and exported fruit for the presence of quarantined Monilinia or Monilia species, a timely identification method is required. Random amplified polymorphic DNA analysis was used to generate an M. fructigena-specific band that was characterized by sequencing. Using the sequence obtained, primers were designed to amplify bands in the same genomic region of M. fructicola and M. laxa. These bands were also characterized by sequencing. From all three sequences, a multiplex polymerase chain reaction (PCR) method based on a common reverse primer (MO368-5) and three species-specific forward primers (MO368-8R, MO368-10R, and Laxa-R2) was established for the differentiation of the three Monilinia species. The multiplex PCR was tested with additional isolates and consistently produced a 402-bp PCR product for M. fructigena, a 535-bp product for M. fructicola, and a 351-bp product for M. laxa. The method was also used with isolates of the recently characterized Monilia polystroma, and all isolates amplified a 425-bp PCR product. The identification method was shown to amplify a PCR product directly from inoculated apples, and the PCR band produced was specific to the inoculated Monilinia or Monilia species. Furthermore, the multiplex PCR was used to identify Monilinia species on naturally infected stone fruits. The method correctly identified infections by both M. laxa and M. fructicola by successful amplification of corresponding PCR products for each species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».