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Enregistrement W2129702834 · doi:10.1111/j.1439-0388.2010.00864.x

Use of SNP genotyping to determine pedigree and breed composition of dairy cattle in Kenya

2010· article· en· W2129702834 sur OpenAlex
Danielle M. Gorbach, Mahlako L. Makgahlela, James M. Reecy, Stephen J. Kemp, Isabelle Baltenweck, R. Ouma, Okeyo Mwai, Karen Marshall, Brenda M. Murdoch, S. S. Moore, M. F. Rothschild

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueJournal of Animal Breeding and Genetics · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and phenotypic traits in livestock
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesCooperative State Research, Education, and Extension ServiceU.S. Department of Agriculture
Mots-clésBreedBiologyKenyaInbreedingGenotypingGermplasmPopulationDairy cattleSNP genotypingRuns of HomozygosityAnimal breedingVeterinary medicineSingle-nucleotide polymorphismAnimal scienceGenotypeGeneticsAgronomyEcologyDemography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

High levels of inbreeding in East African dairy cattle are a potential concern because of use of a limited range of imported germplasm coupled with strong selection, especially by disease, and sparse performance recording. To address this, genetic relationships and breed composition in an admixed population of Kenyan dairy cattle were estimated by means of a 50K SNP scan. Genomic DNA from 3 worldwide Holstein and 20 Kenyan bulls, 71 putative cow-calf pairs, 25 cows from a large ranch and 5 other Kenyan animals were genotyped for 37 238 informative SNPs. Sires were predicted and 89% of putative dam-calf relationships were supported by genotype data. Animals were clustered with the HapMap population using Structure software to assess breed composition. Cows from a large ranch primarily clustered with Holsteins, while animals from smaller farms were generally crosses between Holstein and Guernsey. Coefficients of relatedness were estimated and showed evidence of heavy use of one AI bull. We conclude that little native germplasm exists within the genotyped populations and mostly European ancestry remains.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,735
Score d'incertitude au seuil0,381

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,233 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle