Witnessing the last supper of uncultivated microbial cells with Raman-FISH
Notice bibliographique
Résumé
Huang WE, Griffiths RI, Thompson IP, Bailey MJ, Whiteley AS . (2004). Raman microscopic analysis of single microbial cells. Anal Chem 76 : 4452–4458 Article CAS PubMed Google Scholar Huang WE, Stoecker K, Griffiths R, Newbold L, Daims H, Whiteley AS et al . (2007). Raman-FISH: combining stable-isotope Raman spectroscopy and fluorescence in situ hybridization for single cell analysis of identity and function. Environ Microbiol 9 : 1878–1889 Article CAS PubMed Google Scholar Lee N, Nielsen PH, Andreasen KH, Juretschko S, Nielsen JL, Schleifer KH et al . (1999). Combination of fluorescent in situ hybridization and microautoradiography – a new tool for structure-function analyses in microbial ecology. Appl Environ Microbiol 65 1289–1297 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Neufeld JD, Wagner M, Murrell JC . (2007). Who eats what, where and when? Isotope labelling experiments are coming of age. ISME J 1 : 103–110 Article CAS PubMed Google Scholar Ouverney CC, Fuhrman JA . (1999). Combined microautoradiography – 16S rRNA probe technique for determination of radioisotope uptake by specific microbial cell types in situ . Appl Environ Microbiol 65 : 1746–1752 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Podar M, Abulencia CB, Walcher M, Hutchison D, Zengler K, Garcia JA et al . (2007). Targeted access to the genomes of low-abundance organisms in complex microbial communities. Appl Environ Microbiol 73 : 3205–3214 Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Radajewski S, Ineson P, Parekh NR, Murrell JC . (2000). Stable isotope probing as a tool in microbial ecology. Nature 403 : 646–649 Article CAS PubMed Google Scholar Wagner M, Horn M, Daims H . (2003). Fluorescence in situ hybridisation for the identification and characterization of prokaryotes. Curr Opin Microbiol 6 : 302–309 Article CAS PubMed Google Scholar Wallner G, Fuchs B, Spring S, Beisker W, Amann R . (1997). Flow sorting of microorganisms for molecular analysis. Appl Environ Microbiol 63 : 4223–4231 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Download references
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».