Nucleotide diversity and linkage disequilibrium in balsam poplar (<i>Populus balsamifera</i>)
Notice bibliographique
Résumé
*Current perceptions that poplars have high levels of nucleotide variation, large effective population sizes, and rapid decay of linkage disequilibrium are based primarily on studies from one poplar species, Populus tremula. *We analysed 590 gene fragments (average length 565 bp) from each of 15 individuals from different populations from throughout the range of Populus balsamifera. *Nucleotide diversity (theta(total) = 0.0028, pi = 0.0027) was low compared with other trees and model agricultural systems. Patterns of nucleotide diversity and site frequency spectra were consistent with purifying selection on replacement and intron sites. When averaged across all loci we found no evidence for decay of linkage disequilibrium across 750 bp, consistent with the low estimates of the scaled recombination parameter, rho = 0.0092. *Compared with P. tremula, a well studied congener with a similar distribution, P. balsamifera has low diversity and low effective recombination, both of which indicate a lower effective population size in P. balsamifera. Patterns of diversity and linkage indicate that there is considerable variation in population genomic patterns among poplar species and unlike P. tremula, association mapping techniques in balsam poplar should consider sampling single nucleotide polymorphisms (SNPs) at well-spaced intervals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».