Low Nucleotide Diversity for the Expanded Organelle and Nuclear Genomes of Volvox carteri Supports the Mutational-Hazard Hypothesis
Notice bibliographique
Résumé
The noncoding-DNA content of organelle and nuclear genomes can vary immensely. Both adaptive and nonadaptive explanations for this variation have been proposed. This study addresses a nonadaptive explanation called the mutational-hazard hypothesis and applies it to the mitochondrial, plastid, and nuclear genomes of the multicellular green alga Volvox carteri. Given the expanded architecture of the V. carteri organelle and nuclear genomes (60-85% noncoding DNA), the mutational-hazard hypothesis would predict them to have less silent-site nucleotide diversity (π(silent)) than their more compact counterparts from other eukaryotes-ultimately reflecting differences in 2N(g)μ (twice the effective number of genes per locus in the population times the mutation rate). The data presented here support this prediction: Analyses of mitochondrial, plastid, and nuclear DNAs from seven V. carteri forma nagariensis geographical isolates reveal low values of π(silent) (0.00038, 0.00065, and 0.00528, respectively), much lower values than those previously observed for the more compact organelle and nuclear DNAs of Chlamydomonas reinhardtii (a close relative of V. carteri). We conclude that the large noncoding-DNA content of the V. carteri genomes is best explained by the mutational-hazard hypothesis and speculate that the shift from unicellular to multicellular life in the ancestor that gave rise to V. carteri contributed to a low V. carteri population size and thus a reduced 2N(g)μ. Complete mitochondrial and plastid genome maps for V. carteri are also presented and compared with those of C. reinhardtii.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».