First report of ‘ <i>Candidatus</i> Phytoplasma fraxini’ (group 16SrVII phytoplasma) associated with a peach disease in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Peach (Prunus persica), family Rosaceae, is native to China. In Canada, the province of Ontario produces 82% of the nation’s peach crop. The Canadian Clonal Genebank, also located in Ontario, currently holds 83 accessions of peach. The collection is routinely monitored for symptoms of phytoplasma including decline, leaf reddening, yellowing, shortening of internodes, witches’ broom and reduced fruit size. Leaf samples from trees exhibiting symptoms and symptomless trees representing sixteen accessions were collected from June to August 2009. Total DNA was extracted (DNeasy plant extraction kit, QIAGEN). Phytoplasma universal primers specific for 16S rDNA (R16mF2/R1 and R16F2n/R2; Gundersen & Lee, 1996) were used in a nested PCR assay. Nested PCR products of expected size (∼1250 bp) were obtained for accessions PRU0430 (cv. HW274, from Canada), PRU0380 (cv. GF 305 from France), PRU0334 (cv. RedSkin from USA), PRU0155 (cv. Harblaze from Canada) and PRU0375 (cv. Babygold #5 from USA). Symptomless plants yielded no PCR products. Amplicons were purified (Wizard PCR Clean-up, Promega), cloned (pGEM-T Easy Vector, Promega), and sequenced (Robarts Institute, London, Canada). The obtained sequences shared 100% identity with each other and a representative corresponding to PRU0430 was deposited in GenBank (Accession No. GU223903). BLAST analysis showed that the Prunus phytoplasma shared 99% 16S rDNA sequence identity with those of phytoplasmas in the group 16SrVII (ash yellows) for which ‘Candidatus Phytoplasma fraxini’ is the reference strain. Restriction fragment length polymorphism analysis (RFLP) of amplicons using AluI, RsaI and MseI yielded profiles similar to those of 16SrVII-A phytoplasma subgroup. Phytoplasmas of group 16SrVII have been reported in different hosts in Colombia, Argentina, Brazil and Chile (Fiore et al., 2007). Particularly in North America, including Canada, 16SrVII phytoplasmas have been associated with ash yellows and lilac witches’ broom diseases (Sinclair et al., 1996; Griffiths et al., 1999). To our knowledge, this is the first report of a 16SrVII-related phytoplasma strain identified in peach after an incidental report in peach in Southern Italy (Paltrinieri et al., 2003). The 16SrVII phytoplasma has caused devastating effects in ornamentals. Therefore its presence in peach is of great phytosanitary significance due to its commercial interest, and represents a potential threat for disease spread to other fruit crops, particularly Prunus sp.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».