Genomic Analysis of Stationary-Phase and Exit in<i>Saccharomyces cerevisiae</i>: Gene Expression and Identification of Novel Essential Genes
Notice bibliographique
Résumé
Most cells on earth exist in a quiescent state. In yeast, quiescence is induced by carbon starvation, and exit occurs when a carbon source becomes available. To understand how cells survive in, and exit from this state, mRNA abundance was examined using oligonucleotide-based microarrays and quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction. Cells in stationary-phase cultures exhibited a coordinated response within 5-10 min of refeeding. Levels of >1800 mRNAs increased dramatically (>or=64-fold), and a smaller group of stationary-phase mRNAs decreased in abundance. Motif analysis of sequences upstream of genes clustered by VxInsight identified an overrepresentation of Rap1p and BUF (RPA) binding sites in genes whose mRNA levels rapidly increased during exit. Examination of 95 strains carrying deletions in stationary-phase genes induced identified 32 genes essential for survival in stationary-phase at 37 degrees C. Analysis of these genes suggests that mitochondrial function is critical for entry into stationary-phase and that posttranslational modifications and protection from oxidative stress become important later. The phylogenetic conservation of stationary-phase genes, and our findings that two-thirds of the essential stationary-phase genes have human homologues and of these, many have human homologues that are disease related, demonstrate that yeast is a bona fide model system for studying the quiescent state of eukaryotic cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».