Research/Review: Structure and Linkage Disequilibrium Analysis of Adamantane Resistant Mutations in Influenza Virus M2 Proton Channel
Notice bibliographique
Résumé
The M2 proton channel is translated by the M gene segment of influenza viruses, and has been adopted as an attractive target for influenza A viruses, on which a series of adamantane-based drugs act. However, recently epidemic influenza viruses have had strong resistant effects against the adamantane-based drugs. In this paper, we combined evolutionary analyses, linkage disequilibrium as well as molecular dynamics simulations to explore the drug resistance of the M2 proton channel, with an aim of providing an in-depth understanding of the resistant mechanism for adamantane-based drugs. We collected 2746 coding sequences for swine, avian, and human M2 proteins. After evolutionary and linkage disequilibrium analyses, we found that the some residues in the C-terminal were associated with the famed resistant mutation S31N. Subsequently, we constructed the 3D structures of the swine, avian as well as human M2 channel, and performed MD simulations on these channels with a typical adamantane-based drug rimantadine. From the simulation trajectories, we found that the resistance against the adamantane-based drugs for the M2 channel from 2009 A(H1N1) viruses was derived from the structural allostery in the transmembrane and C-terminal regions. The helices in the transmembrane region were irregular in formation and employed larger distances between the adjacent 2 helices, which can weaken the interactions between the adjacent 2 helices and destabilize the helix-helix assembly, resulting in a comparatively loosely structure. The helices in the C-terminal region show a disordered configuration, giving chances for solvent molecules to enter into the channel pore.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».