Interactome and interface protocol (2IP): A novel strategy for high sensitivity topology mapping of protein complexes
Notice bibliographique
Résumé
A few well-characterized protein assemblies aside, little is known about the topology and interfaces of multiconstituent protein complexes. Here we report on a novel indirect strategy for low-resolution topology mapping of protein complexes. Following crosslinking, purified protein complexes are subjected to chemical cleavage with cyanogen bromide (CNBr) and the resulting fragments are resolved by 2-D electrophoresis. The side-by-side comparison of a thus generated and a 2-D CNBr fragment map obtained from uncrosslinked material reveals candidate gel spots harboring crosslinked CNBr fragments. In-gel trypsinization and MALDI MS analysis of these informative spots identify the underlying crosslinked CNBr fragments based on unmodified tryptic peptides. Matching the cumulative theoretical molecular mass and predicted pI of these crosslinked CNBr fragments with original gel spot coordinates is required for confident crosslink assignment. The above strategy was successfully validated with the Escherichia coli RNA polymerase (RNAP) core complex and subsequently applied to query the quaternary structure of components of the yeast Skp1-Cdc53/Cullin-F box (SCF) ubiquitin ligase complex. This protocol requires low picomole sample quantities, can be applied to multisubunit protein complexes, and does not rely on specialized data mining software.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».