Profiling of N -linked oligosaccharides using phenylhydrazine derivatization and mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
N-linked oligosaccharide standards obtained from commercial sources were derivatized with phenylhydrazine (PHN) and analyzed by on-line reversed-phase high performance liquid chromatography (HPLC)/electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS). This procedure was then applied to mixtures of N-glycans enzymatically released from hen ovalbumin. Under ESI-MS conditions, phenylhydrazones of asialylated oligosaccharide standards and ovalbumin glycans produced mainly [M + 2H]2+ molecular ions at low cone voltage values, while minimal fragmentation was observed. Reversed-phase HPLC/ESI-MS total and selected ion chromatograms obtained for derivatized N-glycans from ovalbumin showed partial but useful separation. Overall glycan profiles obtained by ESI-MS were compared with results obtained by matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI)-MS. Qualitatively, profiles were similar from one technique to the other in terms of relative abundance of glycans versus composition. Post-source decay (PSD) analysis of the [M + Na]+ ions of PHN-glycans showed dominant B, C and internal B/Y, C/Y cleavages. These patterns were helpful in relating fragmentation to proposed structures. Cross-ring cleavage fragment ions (A-type) were also observed in most cases. The PHN derivatization method is fast and simple. It produces abundant parent ions in both MALDI-MS and ESI-MS, while avoiding the presence of salt contaminants during the labeling procedure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».