Comparison of Solution Structures and Stabilities of Native, Partially Unfolded and Partially Refolded Pepsin
Notice bibliographique
Résumé
A zymogen-derived protein, pepsin, appears to be incapable of folding to the native state without the presence of the prosegment. To better understand the nature of the irreversible denaturation of pepsin, the present study reports on the characterization of the stability and low-resolution tertiary and secondary structures of native, alkaline unfolded and acid refolded porcine pepsin. Through a combination of small-angle neutron scattering (SANS), CD, and DSC, acid refolded pepsin (Rp) was shown to have secondary and tertiary structures intermediate between the alkaline denatured and native forms but was found to be thermodynamically stable relative to the native state. It was also observed that the acid refolded state of pepsin was dependent on the protein concentration during refolding because CD and SANS data revealed that both the secondary and tertiary structures of concentrated-refolded pepsin (>10 mg/mL) (CRp) were native-like, in contrast to the intermediate nature of Rp, refolded under dilute concentration (<10 mg/mL). Despite a native-like conformation, CRp was more stable and had substantially reduced activity compared to that of the native state, suggesting that the protein was misfolded. It is proposed that the stable but misfolded, acid-refolded states are evidence that pepsin in its native conformation was metastable. Furthermore, the disruption of the active site cleft in the denatured states could be discerned by modeling of the SANS data.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».