Gene expression analysis reveals marked differences in the transcriptome of infantile hemangioma endothelial cells compared to normal dermal microvascular endothelial cells
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Infantile hemangiomas are benign vascular tumors primarily found on the skin in 10% of the pediatric population. The etiology of this disease is largely unknown and while large scale genomic studies have examined the transcriptomes of infantile hemangioma tumors as a whole, no study to date has compared the global gene expression profiles of pure infantile hemangioma endothelial cells (HEMECs) to that of normal human dermal microvascular endothelial cells (HDMVECs). METHODS: To shed light on the molecular differences between these normal and aberrant dermal endothelial cell types, we performed whole genome microarray analysis on purified cultures of HEMECs and HDMVECs. We then utilized qPCR and immunohistochemistry to confirm our microarray results. RESULTS: Our array analysis identified 125 genes whose expression was upregulated and 104 genes whose expression was downregulated by greater than two fold in HEMECs compared to HDMVECs. Bioinformatics analysis revealed three major classifications of gene functions that were altered in HEMECs including cell adhesion, cell cycle, and arachidonic acid production. Several of these genes have been reported to be critical regulators and/or mutated in cancer, vascular tumors, and vascular malformations. We confirmed the expression of a subset of these differentially expressed genes (ANGPT2, ANTXR1, SMARCE1, RGS5, CTAG2, LTBP2, CLDN11, and KISS1) using qPCR and utilized immunohistochemistry on a panel of paraffin embedded infantile hemangioma tumor tissues to demonstrate that the cancer/testis antigen CTAG2 is highly abundant in vessel-dense proliferating infantile hemangiomas and with significantly reduced levels during tumor involution as vascular density decreases. CONCLUSION: Our data reveal that the transcriptome of HEMECs is reflective of a pro-proliferative cell type with altered adhesive characteristics. Moveover, HEMECs show altered expression of many genes that are important in the progression and prognosis of metastatic cancers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».