Evidence for a Bigenic Chromatin Subdomain in Regulation of the Fetal-to-Adult Hemoglobin Switch
Notice bibliographique
Résumé
During development, human beta-globin locus regulation undergoes two critical switches, the embryonic-to-fetal and fetal-to-adult hemoglobin switches. To define the role of the fetal (A)gamma-globin promoter in switching, human beta-globin-YAC transgenic mice were produced with the (A)gamma-globin promoter replaced by the erythroid porphobilinogen deaminase (PBGD) promoter (PBGD(A)gamma-YAC). Activation of the stage-independent PBGD(A)gamma-globin strikingly stimulated native (G)gamma-globin expression at the fetal and adult stages, identifying a fetal gene pair or bigenic cooperative mechanism. This impaired fetal silencing severely suppressed both delta- and beta-globin expression in PBGD(A)gamma-YAC mice from fetal to neonatal stages and altered kinetics and delayed switching of adult beta-globin. This regulation evokes the two human globin switching patterns in the mouse. Both patterns of DNA demethylation and chromatin immunoprecipitation analysis correlated with gene activation and open chromatin. Locus control region (LCR) interactions detected by chromosome conformation capture revealed distinct spatial fetal and adult LCR bigenic subdomains. Since both intact fetal promoters are critical regulators of fetal silencing at the adult stage, we concluded that fetal genes are controlled as a bigenic subdomain rather than a gene-autonomous mechanism. Our study also provides evidence for LCR complex interaction with spatial fetal or adult bigenic functional subdomains as a niche for transcriptional activation and hemoglobin switching.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».