Notice bibliographique
Résumé
Configuration retaining glycosidases catalyse the hydrolysis of glycosidic bonds via a double displacement mechanism, typically involving two key active site carboxyl groups (Glu or Asp). One of the enzymic carboxyl groups functions as a general acidbase catalyst, the other acts as a nucleophile. Alternatively, configuration-retaining hexosaminidases from the sequence-related glycosidase families 18, 20, and 56 lack a suitably positioned enzymic nucleophile; instead, they use the carbonyl oxygen atom of the neighbouring C2-acetamido group of the substrate. The carbonyl oxygen atom of the 2-acetamido group provides anchimeric assistance to the enzyme catalyzed reaction by acting as an intramolecular nucleophile, attacking the anomeric center and forming a cyclized oxazolinium ion intermediate that is stereochemically equivalent to the glycosylenzyme intermediate formed in the "normal" double displacement mechanism. Although there is little sequence similarity between families 18, 20, and 56 hexosaminidases, X-ray crystallographic studies demonstrate that they have evolved similar catalytic domains and active site architectures that are designed to distort the bound substrate so that the C2-acetamido group can become appropriately positioned to participate in catalysis. The substrate distortion allows for a substrate-assisted catalytic reaction that displays all the general characteristics of the classic double-displacement mechanism including the formation of a covalent intermediate.Key words: glycoside hydrolase, hexosaminidase, glycosidase, substrate-assisted catalysis, anchimeric assistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».