A Tumor initiating cell-enriched prognostic signature for HER2+:ERα− breast cancer; rationale, new features, controversies and future directions
Notice bibliographique
Résumé
// Jeff C. Liu 1,* , Sean E. Egan 2 and Eldad Zacksenhaus 1,* 1 Division of Cell & Molecular Biology, Toronto General Research Institute - University Health Network, Toronto, Canada 2 Program in Developmental and Stem Cell Biology, The Hospital for Sick Children, Toronto Correspondence: Jeff Liu, email: // Eldad Zacksenhaus, email: // Keywords : HER2 breast cancer; Prognostic signature; Tumor initiating cell; Cancer stem cells; Mouse models Received : July 10, 2013 Accepted : July 24, 2013 Published : July 26, 2013 Abstract The high intra- and inter-tumor heterogeneity of many types of cancers, including breast cancer (BC), poses great challenge to development of subtype-specific prognosis. In BC, the classification of tumors as either ERα + (Luminal A and Luminal B), HER2 + (ERα + or ERα - ) or triple-negative (TNBC)(Basal-like, claudin-low) guides both prognostication and therapy. Indeed, prognostic signatures for ERα + BC are being incorporated into clinical use. However, these signatures distinguish between luminal A (low risk) and Luminal B (high risk) BC; signatures that identify low/high risk patients with luminal B BC are yet to be developed. Likewise, no signature is in clinical use for HER2 + or TNBC. The major obstacles to development of robust signatures stem from diversity of BC, clonal evolution and heterogeneity within each subtype. We have recently generated a prognostic signature for HER2 + :ERα - BC based on the identification of genes that were differentially expressed in a tumor-initiating cell (TIC)-enriched fraction versus non-TIC fraction from a mouse model of HER2 + BC (MMTV-Hers/Neu). Here we describe the rationale behind development of this prognosticator, and present new features of the signature, including elevated PI3K pathway activity and low TNFalpha and IFNgamma signaling in high-risk tumors. In addition, we address controversies in the field such as whether random gene expression signatures significantly associate with cancer outcome. Finally, we suggest a guideline for development of prognostic signatures and discuss future directions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,015 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».