Molecular and morphological characteristics of<i>Apiosporina morbosa</i>, the causal agent of black knot in<i>Prunus</i>spp.
Notice bibliographique
Résumé
Thirty isolates of Apiosporina morbosa, which were isolated from wild chokecherry (Prunus virginiana), an ornamental cultivar of chokecherry with purple foliage (P. virginiana ‘Shubert Select‘), and domestic plum (Prunus domestica), were compared for morphological and molecular characteristics, using culture techniques and data from internal transcribed spacers (ITS) I and II, restriction fragment length polymorphisms (RFLP), and sequence-related amplified polymorphism (SRAP) analyses. Strains of A. morbosa grew as olive-green colonies that changed in about 2 weeks to a dark-brown colour. Cultures produced single- or two-celled and cylindrical conidia with tapering ends. Conidia had a mean size of 4.51 μm × 10.97 μm. The overall colony and conidial morphology in cultures of the A. morbosa isolates was generally similar to that of an isolate of Cladosporium herbarum. Pseudothecia were globose and produced clavate asci with unequally two-celled and club-shaped ascospores having mean sizes of 6.68–7.37 μm × 16.42–16.78 μm. RFLP markers produced by endonucleases DdeI, Bst98I, and VspI in the ITS region differentiated the pathogen isolates from other gall-associated fungi, but no difference was observed among the A. morbosa isolates, using these markers. The sequences of the ITS region had >99% similarity among 30 isolates of A. morbosa, and a total of eight unique genotypes were found, based on ITS sequence alignment. The most common genotype was manifested in 21 of 30 A. morbosa isolates, based on the ITS sequences. Three A. morbosa isolates had an identical sequence to that of an isolate of C. herbarum. A comparison with an isolate of Cladosporium cladosporioides showed that A. morbosa differed from C. cladosporioides by 3%, based on ITS sequences. SRAP analysis detected 18 unique genotypes and a high genetic diversity (H = 0.256) among 25 isolates of A. morbosa. The pathogen population isolated from wild chokecherry produced more unique genotypes and higher genetic diversity (H = 0.283) than the population from ‘Shubert Select’ (H = 0.165). However, an exact test indicated no differentiation between these two populations (P = 0.334) with a gene flow rate of 4.28. Most of the isolates from ‘Shubert Select’ were clustered in a subgroup in a phylogenetic dendrogram. Phylogenetic analysis of ITS sequences of the A. morbosa isolates in our study and related taxa extracted from GenBank revealed that A. morbosa had the closest genetic distance with Cladosporium spp.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».