Escherichia coli and Staphylococcus phages: effect of translation initiation efficiency on differential codon adaptation mediated by virulent and temperate lifestyles
Notice bibliographique
Résumé
Rapid biosynthesis is key to the success of bacteria and viruses. Highly expressed genes in bacteria exhibit a strong codon bias corresponding to the differential availability of tRNAs. However, a large clade of lambdoid coliphages exhibits relatively poor codon adaptation to the host translation machinery, in contrast to other coliphages that exhibit strong codon adaptation to the host. Three possible explanations were previously proposed but dismissed: (1) the phage-borne tRNA genes that reduce the dependence of phage translation on host tRNAs, (2) lack of time needed for evolving codon adaptation due to recent host switching, and (3) strong strand asymmetry with biased mutation disrupting codon adaptation. Here, we examined the possibility that phages with relatively poor codon adaptation have poor translation initiation which would weaken the selection on codon adaptation. We measured translation initiation by: (1) the strength and position of the Shine-Dalgarno (SD) sequence, and (2) the stability of the secondary structure of sequences flanking the SD and start codon known to affect accessibility of the SD sequence and start codon. Phage genes with strong codon adaptation had significantly stronger SD sequences than those with poor codon adaptation. The former also had significantly weaker secondary structure in sequences flanking the SD sequence and start codon than the latter. Thus, lambdoid phages do not exhibit strong codon adaptation because they have relatively inefficient translation initiation and would benefit little from increased elongation efficiency. We also provided evidence suggesting that phage lifestyle (virulent versus temperate) affected selection intensity on the efficiency of translation initiation and elongation.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».