Streptomyces coelicolor Polynucleotide Phosphorylase Can Polymerize Nucleoside Diphosphates under Phosphorolysis Conditions, with Implications for the Degradation of Structured RNAs
Notice bibliographique
Résumé
We have examined the ability of wild-type polynucleotide phosphorylase (PNPase) from Streptomyces coelicolor and two mutant forms of the enzyme, N459D and C468A, to function in the polymerization of ADP and in the phosphorolysis of RNA substrates derived from the S. coelicolor rpsO-pnp operon. The wild-type enzyme was twice as active in polymerization as N459D and four times as active as C468A. The kcat/Km value for phosphorolysis of a structured RNA substrate by N459D was essentially the same as that observed for the wild-type enzyme, while C468A was 50% as active with this substrate. A mixture of all four common nucleoside diphosphates increased the kcat/Km for phosphorolysis of the structured substrate by the wild-type enzyme by a factor of 1.7 but did not affect phosphorolysis catalyzed by N459D or C468A. We conducted phosphorolysis of the structured substrate in the presence of nucleoside diphosphates and labeled the 3' ends of the products of those reactions using [(32)P]pCp. Digestion of the end-labeled RNAs and display of the products on a sequencing gel revealed that wild-type S. coelicolor PNPase was able to synthesize RNA 3' tails under phosphorolysis conditions while the N459D and C468A mutants could not. The wild-type enzyme did not add 3' tails to a substrate that already possessed an unstructured 3' tail. We propose a model in which the transient synthesis of 3' tails facilitates the phosphorolysis of structured substrates by Streptomyces PNPase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».