MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2131759817 · doi:10.1002/humu.20650

Recommendations for locus-specific databases and their curation

2007· article· en· W2131759817 sur OpenAlexaff
Richard G.H. Cotton, Arleen D. Auerbach, J. Beckmann, Olga O. Blumenfeld, Anthony J. Brookes, A. F. Brown, Paola Carrera, D W Cox, B. Gottlieb, Marc S. Greenblatt, Pascale Hilbert, Heikki Lehväslaiho, Ping Liang, Sharon Marsh, Daniel W. Nebert, Sue Povey, Sandro Rossetti, C. R. Scriver, Marshall Summar, Dean R. Tolan, I. C. Verma, Mauno Vihinen, Johan T. den Dunnen

Notice bibliographique

RevueHuman Mutation · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensMcGill UniversityMontreal Children's HospitalJewish General HospitalUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Health and Medical Research CouncilMedical Research Council
Mots-clésData curationBiologyLocus (genetics)HumDatabaseGeneticsGene nomenclatureGeneComputational biologyData scienceComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Expert curation and complete collection of mutations in genes that affect human health is essential for proper genetic healthcare and research. Expert curation is given by the curators of gene-specific mutation databases or locus-specific databases (LSDBs). While there are over 700 such databases, they vary in their content, completeness, time available for curation, and the expertise of the curator. Curation and LSDBs have been discussed, written about, and protocols have been provided for over 10 years, but there have been no formal recommendations for the ideal form of these entities. This work initiates a discussion on this topic to assist future efforts in human genetics. Further discussion is welcome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,640
Score d'incertitude au seuil0,211

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,045
Tête enseignante GPT0,316
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations59
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueHuman MutationMême sujetGenomics and Rare DiseasesTravaux en français237 207