Expression of T‐type calcium channel splice variants in human glioma
Notice bibliographique
Résumé
In humans, three isoforms of the T-type (Ca(v)3.1) calcium-channel alpha(1) subunit have been reported as a result of alternate splicing of exons 25 and 26 in the III-IV linker region (Ca(v)3.1a, Ca(v)3.1b or Ca(v)3.1bc). In the present study, we report that human glioma express Ca(v)3.1 channels in situ, that splicing of these exons is uniquely regulated and that there is expression of a glioma-specific novel T-type variant (Ca(v)3.1ac). Seven human glioma samples were collected at surgery, RNA was extracted, and cDNA was produced for RT-PCR analysis. In addition, three glioma cell lines (U87, U563, and U251N), primary cultures of human fetal astrocytes, as well as adult and fetal human brain cDNA were used. Previously described Ca(v)3.1 splice variants were present in glioma samples, cultured cells and whole brain. Consistent with the literature, our results reveal that in the normal adult brain, Ca(v)3.1a transcripts predominate, while Ca(v)3.1b is mostly fetal-specific. RT-PCR results on glioma and glioma cell lines showed that Ca(v)3.1 expression in tumor cells resemble fetal brain expression pattern as Ca(v)3.1bc is predominantly expressed. In addition, we identified a novel splice variant, Ca(v)3.1ac, expressed in three glioma biopsies and one glioma cell line, but not in normal brain or fetal astrocytes. Transient expression of this variant demonstrates that Ca(v)3.1ac displays similar current-voltage and steady-state inactivation properties compared with Ca(v)3.1b, but a slower recovery from inactivation. Taken together, our data suggest glioma-specific Ca(v)3.1 gene regulation, which could possibly contribute to tumor pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».