Diversity and population structure of Marine Group A bacteria in the Northeast subarctic Pacific Ocean
Notice bibliographique
Résumé
Marine Group A (MGA) is a candidate phylum of Bacteria that is ubiquitous and abundant in the ocean. Despite being prevalent, the structural and functional properties of MGA populations remain poorly constrained. Here, we quantified MGA diversity and population structure in relation to nutrients and O(2) concentrations in the oxygen minimum zone (OMZ) of the Northeast subarctic Pacific Ocean using a combination of catalyzed reporter deposition fluorescence in situ hybridization (CARD-FISH) and 16S small subunit ribosomal RNA (16S rRNA) gene sequencing (clone libraries and 454-pyrotags). Estimates of MGA abundance as a proportion of total bacteria were similar across all three methods although estimates based on CARD-FISH were consistently lower in the OMZ (5.6%±1.9%) than estimates based on 16S rRNA gene clone libraries (11.0%±3.9%) or pyrotags (9.9%±1.8%). Five previously defined MGA subgroups were recovered in 16S rRNA gene clone libraries and five novel subgroups were defined (HF770D10, P262000D03, P41300E03, P262000N21 and A714018). Rarefaction analysis of pyrotag data indicated that the ultimate richness of MGA was very nearly sampled. Spearman's rank analysis of MGA abundances by CARD-FISH and O(2) concentrations resulted in significant correlation. Analyzed in more detail by 16S rRNA pyrotag sequencing, MGA operational taxonomic units affiliated with subgroups Arctic95A-2 and A714018 comprised 0.3-2.4% of total bacterial sequences and displayed strong correlations with decreasing O(2) concentration. This study is the first comprehensive description of MGA diversity using complementary techniques. These results provide a phylogenetic framework for interpreting future studies on ecotype selection among MGA subgroups, and suggest a potentially important role for MGA in the ecology and biogeochemistry of OMZs.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».