WW Domains Provide a Platform for the Assembly of Multiprotein Networks
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
WW domains are protein modules that mediate protein-protein interactions through recognition of proline-rich peptide motifs and phosphorylated serine/threonine-proline sites. To pursue the functional properties of WW domains, we employed mass spectrometry to identify 148 proteins that associate with 10 human WW domains. Many of these proteins represent novel WW domain-binding partners and are components of multiprotein complexes involved in molecular processes, such as transcription, RNA processing, and cytoskeletal regulation. We validated one complex in detail, showing that WW domains of the AIP4 E3 protein-ubiquitin ligase bind directly to a PPXY motif in the p68 subunit of pre-mRNA cleavage and polyadenylation factor Im in a manner that promotes p68 ubiquitylation. The tested WW domains fall into three broad groups on the basis of hierarchical clustering with respect to their associated proteins; each such cluster of bound proteins displayed a distinct set of WW domain-binding motifs. We also found that separate WW domains from the same protein or closely related proteins can have different specificities for protein ligands and also demonstrated that a single polypeptide can bind multiple classes of WW domains through separate proline-rich motifs. These data suggest that WW domains provide a versatile platform to link individual proteins into physiologically important networks.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle