Molecular Epidemiology of <i>Neisseria gonorrheae</i> Isolates with Plasmid-Mediated Tetracycline Resistance in Canada: Temporal and Geographical Trends (1986-1997)
Notice bibliographique
Résumé
Plasmid-mediated resistance to tetracycline in Neisseria gonorrhoeae (TRNG) isolates is caused by the acquisition of a 25.2-MDa conjugative, tetM-containing plasmid (TetM plasmid). The presence of the TetM plasmid is the leading cause of gonococcal resistance to tetracycline in most countries. Between 1986 and 1997, 6,306 TRNG isolates were isolated in different Canadian provincial laboratories and subsequently submitted to the national laboratory for further strain characterization. Because nonculture-based identification of N. gonorrhoeae was more widely used after 1995, this snapshot of the molecular epidemiology of TRNG in Canada, which is only possible if bacteria are cultured, represents a comprehensive data baseline that may no longer be achievable. Temporal trends indicate that TRNG isolations peaked in 1994 (18.9% of isolates tested). Antimicrobial susceptibilities (MIC) to tetracycline and penicillin were determined for 4,064 TRNG isolated between 1986 and 1994. The MICs of TRNG isolates ranged from 16 microg/ml to 32 microg/ml of tetracycline, although one isolate had an MIC of 8 microg/ml and the MICs of four isolates were 2 microg/ml. Penicillinase-producing TRNG (i.e., PP/TRNG) comprised 34.1% of all TRNG (n = 1,386) and 52 TRNG isolates exhibited chromosomal resistance to penicillin. Most of the PP/TRNG (94.1%) carried Africa type (3.2 MDa) beta-lactamase-producing plasmids; only 76 (5.5%) PP/TRNG carried Asia type (4.4 MDa) penicillinase-producing plasmids and three isolates carried Toronto type (3.05 MDa) plasmids. TRNG isolates were also retrospectively typed by auxotype (A), serovar (S), and plasmid (P) content analysis. Eleven auxotype/serovar (A/S) groups comprised the majority (93%) of 4,064 typed TRNG isolates with A/S classes NR/IB-2, NR/IB-3, and NR/IB-1 accounting for 75.1% of the strains characterized. Classification of 670 TRNG for tetM type demonstrated that the Dutch (n = 531) type TetM plasmids predominated over the American (n = 139) type TetM plasmids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».