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Enregistrement W2132288392 · doi:10.1094/pdis-05-14-0510-pdn

First Report of Pineapple Black Rot Caused by <i>Ceratocystis paradoxa</i> on <i>Ananas comosus</i> in French Guiana

2014· article· en· W2132288392 sur OpenAlexaboutno aff
Jacqueline Hubert, Céline Fourrier, Damien Laplace, Renaud Ioos

Notice bibliographique

RevuePlant Disease · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePineapple and bromelain studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyAnanasPotato dextrose agarConidiumChlamydosporeHorticultureBotanyChlorosisQuarantineAgar

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Ceratocystis paradoxa (Dade) C. Moreau is a polyphagous wound parasite causing black rot post-harvest disease in pineapple. This fungus is responsible for high losses of fruit destined for the fresh market and is a common problem in many countries (2). C. paradoxa is officially listed as a quarantine pathogen for French Guiana. In November 2013, the Plant Protection Service of French Guiana observed damage in crops of Ananas comosus var. perolera located in Corossony (4°19'10.8″ N, 52°10'17.1″ W) and Wayabo (5°01'02.3″ N, 52°36'18.7″ W) (eastern and middle part of the country). The three plants collected at each location showed a soft base rot of the stem and of young leaves, and developed a foul smell. Plant tissues were collected from the edge of the lesions, chopped in small pieces, and plated on malt extract agar supplemented with 100 ppm chloramphenicol. The plates were incubated at 25°C with a 12-h photoperiod. After 5 days, a fungal colony, first white and downy, then becoming black and velvety after 10 days, was transferred on potato dextrose agar (PDA) and incubated in the same conditions. After 7 days, the colonies produced phialides releasing cylindrical or doliform conidia that were unicellular, colorless to pale brown, in long chains (3.09 to 20.17 × 3.1 to 5.57 μm, n = 20) and oval, pyriform, brown chlamydospores (8.02 to 21.32 × 4.20 to 9.76 μm, n = 20), occurring in long chains or singly with a vertical slit, usually not very visible. Furthermore, the colonies emitted a fruity odor. On the basis of these morphological characteristics, the fungus was identified as the anamorph of C. paradoxa (Thielaviopsis paradoxa (De Seynes) Höhn.) (1). The species designation was confirmed by sequencing the ITS region of the rDNA followed by comparison with reference sequences available in GenBank. Fungal material was collected from PDA culture by scraping the mycelium with a sterile needle and transferring into 2-ml microtubes. Fungal total DNA was then extracted and the ITS region was amplified by PCR using the ITS1-ITS4 primer pair. Nucleotide sequence was determined and deposited in GenBank (KJ667047). BLAST analysis showed 100% identity with C. paradoxa. The pathogenicity of the fungus was confirmed by inoculating two pineapples with mycelium from the C. paradoxa isolate grown on PDA. The peel of fruits and the base of the crowns were wounded with a sterile scalpel blade, each at five locations. Mycelial plugs (avg. 4 mm diameter) were placed on the wounds. Inoculation sites were wrapped with Parafilm to prevent dehydration and to hold the mycelial plugs in position. Negative controls received five sterile PDA plugs. The samples were incubated at 25°C in a moist chamber with a 12-h photoperiod. Eight days after inoculation, negative controls remained symptomless, whereas characteristic soft, watery, and black rot lesions developed on the base of all the crowns that were inoculated with C. paradoxa. The pathogen was successfully re-isolated from symptomatic tissues, fulfilling Koch's postulate. To our knowledge, this is the first report of C. paradoxa on A. comosus in French Guiana, and quarantine measures have been enforced to prevent the spread of this pathogen that might also cause severe losses on other susceptible plant species that are important for the local market (e.g., banana, coconut, sugar cane). Pineapple has become a major crop in French Guiana, and is now subjected to a more intensive monitoring, which may explains why this disease was discovered recently. References: (1) T. R. Nag Raj and W. B. Kendrick. A Monograph of Chalara and Allied Genera. Wilfrid Laurier University Press, Waterloo, Ontario, 1975. (2) R. C. Ploetz et al., eds. Compendium of Tropical Fruit Diseases. American Phytopathological Society, St. Paul, MN, 1994.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,096
Score d'incertitude au seuil0,191

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,216
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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