Characterization of the Cpx Regulon in<i>Escherichia coli</i>Strain MC4100
Notice bibliographique
Résumé
The Cpx two-component signal transduction pathway of Escherichia coli mediates adaptation to envelope protein misfolding. However, there is experimental evidence that at least 50 genes in 34 operons are part of the Cpx regulon and many have functions that are undefined or unrelated to envelope protein maintenance. No comprehensive analysis of the Cpx regulon has been presented to date. In order to identify strongly Cpx-regulated genes that might play an important role(s) in envelope protein folding and/or to further define the role of the Cpx response and to gain insight into what makes a gene subject to strong Cpx regulation, we have carried out a uniform characterization of a Cpx-regulated lux reporter library in a single-strain background. Strongly Cpx-regulated genes encode proteins that are directly linked to envelope protein folding, localized to the envelope but uncharacterized, or involved in limiting the cellular concentration of noxious molecules. Moderately Cpx-regulated gene clusters encode products implicated in biofilm formation. An analysis of CpxR binding sites in strongly regulated genes indicates that while neither a consensus match nor their orientation predicts the strength of Cpx regulation, most genes contain a CpxR binding site within 100 bp of the transcriptional start site. Strikingly, we found that while there appears to be little overlap between the Cpx and Bae envelope stress responses, the sigma(E) and Cpx responses reciprocally regulate a large group of strongly Cpx-regulated genes, most of which are uncharacterized.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».