Patterns of Molecular Evolution Associated With Two Selective Sweeps in the <i>Tb1</i>–<i>Dwarf8</i> Region in Maize
Notice bibliographique
Résumé
We focused on a region encompassing a major maize domestication locus, Tb1, and a locus involved in the flowering time variation, Dwarf8 (D8), to investigate the consequences of two closely linked selective sweeps on nucleotide variation and gain some insights into maize geographical diffusion, through climate adaptation. First, we physically mapped D8 at approximately 300 kb 3' of Tb1. Second, we analyzed patterns of nucleotide variation at Tb1, D8, and seven short regions (400-700 bp) located in the Tb1-D8 region sequenced on a 40 maize inbred lines panel encompassing early-flowering temperate and late-flowering tropical lines. The pattern of polymorphism along the region is characterized by two valleys of depleted polymorphism while the region in between exhibits an appreciable amount of diversity. Our results reveal that a region approximately 100 kb upstream of the D8 gene exhibits hallmarks of divergent selection between temperate and tropical lines and is likely closer than the D8 gene to the target of selection for climate adaptation. Selection in the tropical lines appears more recent than in the temperate lines, suggesting an initial domestication of early-flowering maize. Simulation results indicate that the polymorphism pattern is consistent with two interfering selective sweeps at Tb1 and D8.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».