First report of <i>Alternaria tomatophila</i> and <i>A. grandis</i> causing early blight on tomato and potato in Brazil
Notice bibliographique
Résumé
Strong population subdivision according to the host was revealed in a study designed to assess the genetic variability of Alternaria solani on potato (Solanum tuberosum) and tomato (S. lycopersicum) in Brazil (Lourenço Jr. et al., 2009).We hypothesised that more than one species cause early blight disease on these hosts. We analysed 19 isolates obtained from potato and nine from tomato, sampled from 2005 to 2008 from seven geographic regions. Ex-type and authentic isolates of A. tomatophila (EGS 42-156), A. grandis (EGS 44-106 and 44-108), and a representative isolate of A. solani (EGS 44-098) were used for comparison (Simmons, 2000). Based on morphological characteristics all isolates from tomato were identified as A. tomatophila and those from potato as A. grandis (Simmons, 2007) (Fig. 1; Table 1). A. solani was not detected in the samples. A preliminary report has been previously published (Rodrigues & Mizubuti, 2009). The pathogenicity of three isolates from tomato and five from potato were tested on susceptible plants in cross inoculation assays. Two drops of a 104conidia/ml suspension were placed on five leaflets in each plant (six plants/isolate). The lesion diameter (mm) was determined using a digital caliper and the formula of the area of a circle was used to estimate the lesion area (LA) four days after inoculation. On potato, the mean LA for A. grandis was 464.1 (SD = 53.0) compared to 345.9 (SD = 48.0) for A. tomatophila. On tomato, the mean LA for A. tomatophila was 64.9 (SD = 5.2) compared to 33.8 (SD = 8.1) for A. grandis. Although larger lesions were formed when A. grandis and A. tomatophila were inoculated on their host of origin, there was no statistical difference between species on a particular host. The isolates were recovered from the lesions to fulfil Koch's Postulates. Additionally, reconstruction of the phylogeny was used to investigate the relationships among the species. The major allergen Alt a1 and glyceraldehyde-3-phosphate (Gpd) genes data set were analysed. The Brazilian isolates from tomato clustered with the ex-type A. tomatophila isolate with strong support from parsimony (MP) and neighbour-joining (NJ) analyses. The A. grandis population clustered most closely with the ex-type isolate of A. grandis in a clade also including A. solani (Fig. 2). Alternaria tomatophila has been recorded to cause early blight on tomato in the United States, Australia, New Zealand, and Venezuela (Simmons, 2000).In Brazil, A. solani has been reported as the causal agent of early blight (Lourenço Jr. et al., 2009). We report here that at least two additional species are widely distributed on tomato and potato fields in Brazil. Research was partially funded by CAPES, FAPEMIG and Canada's NSERC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».