The phosphoglycolate phosphatase gene and the mutation in the phosphoglycolate phosphatase-deficient mutant (<i>pgp1-1</i>) of<i>Chlamydomonas reinhardtii</i>
Notice bibliographique
Résumé
The sequences of the phosphoglycolate phosphatase (PGPase) gene Pgp1 and the 5′-upstream region from Chlamydomonas reinhardtii wildtype 2137 and the pgp1-1 mutant N142 that lacks the activity of PGPase (PGP1) were determined. The comparison revealed the alteration of a G to A at position 98 relative to the start codon. This destroyed the "GT" splice donor site at the beginning of the first intron of this gene, resulting in an extension of the first exon to 49 translatable codons followed by a stop codon, containing the codons corresponding to whole transit peptide for the chloroplast stroma and the first four N-terminal amino-acid residues of the PGP1 subunit. The comparison of the upstream nucleotide sequence of Pgp1 with those of 37 other genes including those involved in the CO2-concentrating mechanism and (or) photorespiration showed the high similarity of Pgp1 upstream to a periplasmic carbonic anhydrase gene Cah1; the motifs RAGGTCAGN8-9CCR and TTGGCAG were found only within the low-CO2responsive genes, including Pgp1 and Cah1. GAN7CGNTTGGAAN2AG, TTGGAAGGAG, and CAGAGGTCAGN8CCG were found only with Pgp1 and Cah1, and ACGCTTGGCAGT and CATTACCAT were found only with Pgp1 and alanine aminotransferase gene Aat1. The possibility of functional PGPase isozyme(s) in C. reinhardtii is also discussed.Key words: Chlamydomonas reinhardtii, CO2-concentrating mechanism, low-CO2responsive gene, pgp1-1 mutation, phosphoglycolate phosphatase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».