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Enregistrement W2133710714 · doi:10.1074/jbc.m208776200

Synergistic Anion and Metal Binding to the Ferric Ion-binding Protein from Neisseria gonorrhoeae

2003· article· en· W2133710714 sur OpenAlexaff
Maolin Guo, Ian Harvey, Weiping Yang, Lorraine S. Coghill, Dominic J. Campopiano, John A. Parkinson, Ross T. A. MacGillivray, Wesley R. Harris, Peter J. Sadler

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineNursing
ThématiqueTrace Elements in Health
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesUniversity of California, IrvineUniversity of EdinburghWellcome Trust
Mots-clésExtended X-ray absorption fine structureChemistryDenticityInorganic chemistryOxalateLigand (biochemistry)PyrophosphateMetal ions in aqueous solutionTransferrinCrystallographyMetalCrystal structureAbsorption spectroscopyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The 34-kDa periplasmic iron-transport protein (FBP) from Neisseria gonorrhoeae (nFBP) contains Fe(III) and (hydrogen)phosphate (synergistic anion). It has a characteristic ligand-to-metal charge-transfer absorption band at 481 nm. Phosphate can be displaced by (bi)carbonate to give Fe.CO(3).nFBP (lambda(max) 459 nm). The local structures of native Fe-PO(4)-nFBP and Fe.CO(3).nFBP were determined by EXAFS at the FeK edge using full multiple scattering analysis. The EXAFS analysis reveals that both phosphate and carbonate ligands bind to FBP in monodentate mode in contrast to transferrins, which bind carbonate in bidentate mode. The EXAFS analysis also suggests an alternative to the crystallographically determined position of the Glu ligand, and this in turn suggests that an H-bonding network may help to stabilize monodentate binding of the synergistic anion. The anions oxalate, pyrophosphate, and nitrilotriacetate also appear to serve as synergistic anions but not sulfate or perchlorate. The oxidation of Fe(II) in the presence of nFBP led to a weak Fe(III).nFBP complex (lambda(max) 471 nm). Iron and phosphate can be removed from FBP at low pH (pH 4.5) in the presence of a large excess of citrate. Apo-FBP is less soluble and less stable than Fe.nFBP and binds relatively weakly to Ga(III) and Bi(III) but not to Co(III) ions, all of which bind strongly to apo-human serum transferrin.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,016
Score d'incertitude au seuil0,442

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,294
Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations68
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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