Comparative analysis of a<i>Brassica</i>BAC clone containing several major aliphatic glucosinolate genes with its corresponding<i>Arabidopsis</i>sequence
Notice bibliographique
Résumé
We compared the sequence of a 101-kb-long bacterial artificial chromosome (BAC) clone (B21H13) from Brassica oleracea with its homologous region in Arabidopsis thaliana. This clone contains a gene family involved in the synthesis of aliphatic glucosinolates. The A. thaliana homologs for this gene family are located on chromosome IV and correspond to three 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase (AOP) genes. We found that B21H13 harbors 23 genes, whereas the equivalent region in Arabidopsis contains 37 genes. All 23 common genes have the same order and orientation in both Brassica and Arabidopsis. The 16 missing genes in the broccoli BAC clone were arranged in two major blocks of 5 and 7 contiguous genes, two singletons, and a twosome. The 118 exons comprising these 23 genes have high conservation between the two species. The arrangement of the AOP gene family in A. thaliana is as follows: AOP3 (GS-OHP) - AOP2 (GS-ALK) - pseudogene - AOP1. In contrast, in B. oleracea (broccoli and collard), two of the genes are duplicated and the third, AOP3, is missing. The remaining genes are arranged as follows: Bo-AOP2.1 (BoGSL-ALKa) - pseudogene - AOP2.2 (BoGSL-ALKb) - AOP1.1 - AOP1.2. When the survey was expanded to other Brassica accessions, we found variation in copy number and sequence for the Brassica AOP2 homologs. This study confirms that extensive rearrangements have taken place during the evolution of the Brassicacea at both gene and chromosomal levels.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».