Genes with Aberrant Expression in Murine Preneoplastic Intestine Show Epigenetic and Expression Changes in Normal Mucosa of Colon Cancer Patients
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
An understanding of early genetic/epigenetic changes in colorectal cancer would aid in diagnosis and prognosis. To identify these changes in human preneoplastic tissue, we first studied our mouse model in which Mthfr⁺/⁻ BALB/c mice fed folate-deficient diets develop intestinal tumors in contrast to Mthfr⁺/⁺ BALB/c mice fed control diets. Transcriptome profiling was performed in normal intestine from mice with low or high tumor susceptibility. We identified 12 upregulated and 51 downregulated genes in tumor-prone mice. Affected pathways included retinoid acid synthesis, lipid and glucose metabolism, apoptosis and inflammation. We compared murine candidates from this microarray analysis, and murine candidates from an earlier strain-based comparison, with a set of human genes that we had identified in previous methylome profiling of normal human colonic mucosa, from colorectal cancer patients and controls. From the extensive list of human methylome candidates, our approach uncovered five orthologous genes that had shown changes in murine expression profiles (PDK4, SPRR1A, SPRR2A, NR1H4, and PYCARD). The human orthologs were assayed by bisulfite-pyrosequencing for methylation at 14 CpGs. All CpGs exhibited significant methylation differences in normal mucosa between colorectal cancer patients and controls; expression differences for these genes were also observed. PYCARD and NR1H4 methylation differences showed promise as markers for presence of polyps in controls. We conclude that common pathways are disturbed in preneoplastic intestine in our animal model and morphologically normal mucosa of patients with colorectal cancer, and present an initial version of a DNA methylation-based signature for human preneoplastic colon.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle