Genes with Aberrant Expression in Murine Preneoplastic Intestine Show Epigenetic and Expression Changes in Normal Mucosa of Colon Cancer Patients
Notice bibliographique
Résumé
An understanding of early genetic/epigenetic changes in colorectal cancer would aid in diagnosis and prognosis. To identify these changes in human preneoplastic tissue, we first studied our mouse model in which Mthfr⁺/⁻ BALB/c mice fed folate-deficient diets develop intestinal tumors in contrast to Mthfr⁺/⁺ BALB/c mice fed control diets. Transcriptome profiling was performed in normal intestine from mice with low or high tumor susceptibility. We identified 12 upregulated and 51 downregulated genes in tumor-prone mice. Affected pathways included retinoid acid synthesis, lipid and glucose metabolism, apoptosis and inflammation. We compared murine candidates from this microarray analysis, and murine candidates from an earlier strain-based comparison, with a set of human genes that we had identified in previous methylome profiling of normal human colonic mucosa, from colorectal cancer patients and controls. From the extensive list of human methylome candidates, our approach uncovered five orthologous genes that had shown changes in murine expression profiles (PDK4, SPRR1A, SPRR2A, NR1H4, and PYCARD). The human orthologs were assayed by bisulfite-pyrosequencing for methylation at 14 CpGs. All CpGs exhibited significant methylation differences in normal mucosa between colorectal cancer patients and controls; expression differences for these genes were also observed. PYCARD and NR1H4 methylation differences showed promise as markers for presence of polyps in controls. We conclude that common pathways are disturbed in preneoplastic intestine in our animal model and morphologically normal mucosa of patients with colorectal cancer, and present an initial version of a DNA methylation-based signature for human preneoplastic colon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».