MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2133986557 · doi:10.1074/jbc.m507500200

LosA, a Key Glycosyltransferase Involved in the Biosynthesis of a Novel Family of Glycosylated Acyltrehalose Lipooligosaccharides from Mycobacterium marinum

2005· article· en· W2133986557 sur OpenAlexaff
Adeline Burguière, Paul G. Hitchen, Lynn G. Dover, Laurent Kremer, Malin Ridell, David C. Alexander, Jun Liu, Howard R. Morris, David E. Minnikin, Anne Dell, Gurdyal S. Besra

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTuberculosis Research and Epidemiology
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilDirectorate for Biological SciencesMedical Research CouncilWellcome TrustLister Institute of Preventive MedicineDarwin Trust of Edinburgh
Mots-clésGlycolipidMycobacterium marinumBiochemistryMycobacteriumChemistryGlycosyltransferaseN-AcetylglucosamineTrehaloseMicrobiologyBiologyBacteriaEnzymeGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Members of the genus Mycobacterium are characterized by cell envelopes rich in unusual free lipids, interacting with a covalently anchored mycolyl-arabinogalactan matrix. Previous studies have shown that Mycobacterium marinum produces large amounts of a diacylglycosylphenolphthiocerol, "phenolic" glycolipid. When cultivated on liquid Sauton medium, traces of a polar lipooligosaccharide (LOS) glycolipid antigen were also previously indicated. In this study, it was found that growth of the type strain of M. marinum on solid Sauton or Middlebrook 7H10 agar gave substantial, but different, amounts of a family of four major trehalose-based LOSs. The core pentasaccharide LOS-I was a rhamnosyl diglucosyl-acylated trehalose. The heptasaccharide, LOS-II, was derived from LOS-I by adding xylose accompanied by a novel sugar (X); repeated addition of this sugar unit X gave the octasaccharide LOS-III. LOS-IV has a decasaccharide component with two additional unusual sugar units, YZ. In a recent study (Alexander, D. C., Jones, J. R., Tan, T., Chen, J. M., and Liu, J. (2004) J. Biol. Chem. 279, 18824-18833), chromatographically similar glycolipids were assigned to the family of phosphatidylinositol mannosides (PIMs) and a "PimF" (Rv1500) glycosyltransferase implicated in the conversion of a supposed "PIM5" to a "PIM7." The present study indicates that these putative PIMs are in fact members of the phosphorus-free LOS family of glycolipids and that the protein product of Rv1500, which we have now termed LosA, is a glycosyltransferase involved in transferring sugars to LOS-III to form LOS-IV of M. marinum.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,172
Score d'incertitude au seuil0,502

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,047
Tête enseignante GPT0,296
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations70
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of Biological ChemistryMême sujetTuberculosis Research and EpidemiologyTravaux en français237 207