Bacterial diversity within the planktonic community of an artesian water supply
Notice bibliographique
Résumé
Culture and molecular methods were used to describe the planktonic bacterial diversity of an artesian water supply in rural Latah County, Idaho, within the drainage of a small perennial stream, Thorn Creek. The surrounding depth to groundwater at this location is thought to be significant (>100 m), and this transitional zone (basalt-granite) of the Palouse aquifer system is little studied. The water produced by this artesian source is consistent even in years of drought and is of high quality, both mineralogically and microbiologically. A culture-based analysis using 30 media types and four incubation temperatures demonstrated that several metabolic types were present in the water. 16S rRNA gene fragments amplified from the DNA of pooled cultured cells and from the DNA extracted from 1 L of the source water were compared using denaturing gradient gel electrophoresis. The results indicated that the two DNA samples did not have similar 16S rRNA gene compositions and that several uncultured phyla were present in the community DNA sample. These results indicated that large-scale culturing did not accurately represent the structure planktonic community. 16S rRNA gene sequences from 17 different genera were obtained from the community DNA sample; the most abundant were similar to Rhodoferax, Rhodobacter, and Polaromonas species. Sequences related to the Proteo bacteria, Bacteroidetes/Chlorobi, Firmicutes, and Acidobacterium/Fibrobacter divisions were also detected.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».