Numerous Fragmented Spliceosomal Introns, AT-AC Splicing, and an Unusual Dynein Gene Expression Pathway in Giardia lamblia
Notice bibliographique
Résumé
Spliceosomal introns are hallmarks of eukaryotic genomes, dividing coding regions into separate exons, which are joined during mRNA intron removal catalyzed by the spliceosome. With few known exceptions, spliceosomal introns are cis-spliced, that is, removed from one contiguous pre-mRNA transcript. The protistan intestinal parasite Giardia lamblia exhibits one of the most reduced eukaryotic genomes known, with short intergenic regions and only four known spliceosomal introns. Our genome-wide search for additional introns revealed four unusual cases of spliceosomal intron fragmentation, with consecutive exons of conserved protein-coding genes being dispersed to distant genomic sites. Independent transcripts are trans-spliced to yield contiguous mature mRNAs. Most strikingly, a dynein heavy chain subunit is both interrupted by two fragmented introns and also predicted to be assembled as two separately translated polypeptides, a remarkably complex expression pathway for a nuclear-encoded sequence. For each case, we observe extensive base-pairing potential between intron halves. This base pairing provides both a rationale for the in vivo association of independently transcribed mRNAs transcripts and the apparent specificity of splicing. Similar base-pairing potential in two cis-spliced G. lamblia introns suggests an evolutionary pathway whereby intron fragmentation of cis-spliced introns is permissible and a preliminary evolutionary step to complete gene fission. These results reveal remarkably complex genome dynamics in a severely genomically reduced parasite.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».