Changing computational research. The challenges ahead
Notice bibliographique
Résumé
The past year has been an interesting one for those interested in reproducible research.There have been great examples of replicability [1,2] in research communication, and examples of horrifying failure of reproducibility (as described in [3]) with serious questions being raised on the ability of our current system of research communication to guarantee, or even encourage, that published research be reproducible or replicable.When we launched the call for papers for Open Research Computation in late 2010 we saw a clear need for higher standards.Computational research should stand out as an exemplar of just how reproducible research can be, yet it falls short more often than not.With modern computational tools it is entirely possible to provide packages which allow direct replication of results.It is possible to provide data and code in the form of a functional virtual machine image along with automated tests to ensure everything is working as expected.But alongside this we can support the reader's ability to modify and re-purpose tools, to run them against new data, indeed to support efforts to deliberately break the system to identify its limitations.In short, to do what we are supposed to do as scientistsreplicate, reproduce, and test the limits of our models and understanding.We deliberately set the bar high, because we felt it should be high, and because we felt that current standards were, in general, not high enough.Over the past year commentaries [4-6] have supported these principles, recognizing that there are serious problemsbut few have actually backed up those words with actions.As with data, so with code, journal statements requiring that it be available often lack substancehow is it to be made availableand policies generally lack teeth.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,088 | 0,208 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,012 | 0,037 |
| Communication savante | 0,024 | 0,073 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,015 |
| Intégrité de la recherche | 0,038 | 0,065 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,029 | 0,017 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».