Ability of Novel ATP-Binding Cassette Multidrug Resistance Genes to Predict Growth of <i>Pediococcus</i> Isolates in Beer
Notice bibliographique
Résumé
We have recently shown that the horA gene is highly accurate for determining the beer-spoilage potential of lactobacilli isolates but not as good for predicting the beer-spoilage ability of pediococci isolates. Our goal in this study was to identify genetic markers for assessing the beer-spoilage potential of Pediococcus isolates. Lactobacillus and Pediococcus isolates negative for the putative beer-spoilage associated genes hitA, horA, horC, and ORF5, yet capable of growing in beer, were screened using degenerate PCR primers designed to the ATP-binding cassette region of multidrug resistance (ABC MDR) genes, and amplicons were sequenced to reveal possible identity and function. Six novel ABC MDR genes were found. Specific PCR primers were designed to each gene and used to screen 84 Lactobacillus and 48 Pediococcus isolates. Three genes had no correlation with hop resistance or ability to grow in beer. Another gene correlated with hop resistance but only in isolates incapable of growing in beer. The remaining two genes, bsrA and bsrB (beer-spoilage related), were highly correlated with the beer-spoilage ability and hop resistance of Pediococcus isolates. Although sharing a low percent identity with one another or other known proteins, both BsrA and BsrB contained conserved motifs typical of ABC MDR-type proteins. The bsrA and bsrB genes were not found in any Lactobacillus isolates, regardless of whether they were able to grow in beer, making them the first genetic markers capable of differentiating between beer-spoilage lactobacilli and pediococci.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».