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Enregistrement W2134268016 · doi:10.1099/mic.0.28256-0

Transcriptional organization of the temperature-sensitive transfer system from the IncHI1 plasmid R27

2005· article· en· W2134268016 sur OpenAlexafffund
Guillermina Alonso, Kelly P Baptista, Trinh Ngo, Diane E. Taylor

Notice bibliographique

RevueMicrobiology · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueAquaculture disease management and microbiota
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesAlberta Heritage Foundation for Medical Research
Mots-clésOperonPromoterPlasmidGeneTranscription (linguistics)BiologyGeneticsDNAQuorum sensingMolecular biologyGene expressionEscherichia coli

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

One of the characteristic features of IncHI1 plasmids is a thermosensitive process of conjugation, which is optimal between 22 degrees C and 30 degrees C but inhibited at 37 degrees C. R27, the prototypical IncHI1 plasmid, contains transfer genes clustered in two regions of the plasmid, Tra1 and Tra2. In the present study, transcriptional analyses of the tra genes were undertaken at both 30 degrees C and 37 degrees C. Screening of 38 tra genes showed that tra genes are transcriptionally linked in six operons, three in each Tra region. RT-PCR analysis showed that gene expression was reduced at 37 degrees C relative to that observed at 30 degrees C. The transcription start sites of the six transcripts were identified, promoters and upstream regions were cloned, and transcription was tested at both temperatures. In cells grown at 37 degrees C, in the presence of R27, the promoters were inhibited, except for promoters of the H operon and AN operon. Conditions that influenced DNA topology, such as osmolarity, anaerobiosis, quorum sensing and acidity, showed no significant influence on transfer frequency. These results should facilitate future understanding of the basis of temperature-sensitive transfer in this large conjugative plasmid.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,186
Score d'incertitude au seuil0,609

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,165
Écart entre enseignants0,161 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2005
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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