Effect of base sequence context on the conformational heterogeneity of aristolactam-I adducted DNA: structural and energetic insights into sequence-dependent repair and mutagenicity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aristolochic acids (AAs) are nephrotoxic and potentially carcinogenic plant mutagens that form bulky DNA adducts at the exocyclic amino groups of the purines. The present work utilizes classical molecular dynamics simulations and free energy calculations to investigate the role of lesion site sequence context in dictating the conformational outcomes of DNA containing ALI-N6-dA, the most persistent and mutagenic adduct arising from the AAs. Our calculations reveal that the anti base-displaced intercalated conformer is the lowest energy conformer of damaged DNA in all sequence contexts considered (CXC, CXG, GXC and GXG). However, the experimentally-observed greater mutagenicity of the adduct in the CXG sequence context does not correlate with the relative thermodynamic stability of the adduct in different sequences. Instead, AL-N6-dA adducted DNA is least distorted in the CXG sequence context, which points toward a possible differential repair propensity of the lesion in different sequences. Nevertheless, the structural deviations between adducted DNA with different lesion site sequences are small, and therefore other factors (such as interactions between the adducted DNA and lesion-bypass polymerases during replication) are likely more important for dictating the observed sequence-dependent mutagenicity of ALI-N6-dA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».