Sequential rounds of RNA-dependent RNA transcription drive endogenous small-RNA biogenesis in the ERGO-1/Argonaute pathway
Notice bibliographique
Résumé
Argonaute (AGO) proteins interact with distinct classes of small RNAs to direct multiple regulatory outcomes. In many organisms, including plants, fungi, and nematodes, cellular RNA-dependent RNA polymerases (RdRPs) use AGO targets as templates for amplification of silencing signals. Here, we show that distinct RdRPs function sequentially to produce small RNAs that target endogenous loci in Caenorhabditis elegans. We show that DCR-1, the RdRP RRF-3, and the dsRNA-binding protein RDE-4 are required for the biogenesis of 26-nt small RNAs with a 5' guanine (26G-RNAs) and that 26G-RNAs engage the Piwi-clade AGO, ERGO-1. Our findings support a model in which targeting by ERGO-1 recruits a second RdRP (RRF-1 or EGO-1), which in turn transcribes 22G-RNAs that interact with worm-specific AGOs (WAGOs) to direct gene silencing. ERGO-1 targets exhibit a nonrandom distribution in the genome and appear to include many gene duplications, suggesting that this pathway may control overexpression resulting from gene expansion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».