High Sequence Variability Among <i>Little cherry virus</i> Isolates Occurring in British Columbia
Notice bibliographique
Résumé
The LC5 isolate of Little cherry virus (LChV-LC5) is one of at least two distinct viruses contributing to a severe disease of cherry (Little cherry disease [LChD]) in British Columbia. A near-complete nucleotide sequence of LChV-LC5 is available as well as polyclonal antibodies against LChV-LC5 coat protein produced in bacterial cells. A survey for LChV-LC5-infected trees in the Okanagan Valley and Kootenay region of British Columbia was carried out using enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA) and LChV-LC5 antibodies. Reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and sequence analysis of four different regions of the genomes of 31 of these isolates have been conducted. A high level of sequence variability was found: nucleotide sequence divergence between LChV-LC5 and the other sequenced isolates ranged from 0 to 19.7%, and amino acid sequence divergence ranged from 0 to 9.1%. Further examination of RT-PCR and sequence data identified six discrete groups of isolates, including a group identical to LChV-LC5. The high level of divergence in LChV-LC5 isolates occurring in British Columbia suggests that caution should be used in the selection of methods used for diagnosis during surveys for this virus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».