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Enregistrement W2134797585 · doi:10.1093/jxb/ers319

Identification of quantitative trait loci controlling fibre length and lignin content in<i>Arabidopsis thaliana</i>stems

2012· article· en· W2134797585 sur OpenAlexafffund
Arnaud Capron, Xue Feng Chang, Hardy Hall, Brian E. Ellis, Rodger P. Beatson, Thomas Berleth

Notice bibliographique

RevueJournal of Experimental Botany · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Gene Expression Analysis
Établissements canadiensCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreUniversity of British ColumbiaBritish Columbia Institute of TechnologyUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversity of British ColumbiaUniversity of Toronto
Mots-clésArabidopsisQuantitative trait locusBiologyLigninArabidopsis thalianaPopulationInflorescenceCandidate geneGenetic linkageGeneBotanyGeneticsMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Fibre properties and the biochemical composition of cell walls are important traits in many applications. For example, the lengths of fibres define the strength and quality of paper, and lignin content is a critical parameter for the use of biomass in biofuel production. Identifying genes controlling these traits is comparatively difficult in woody species, because of long generation times and limited amenability to high-resolution genetic mapping. To address this problem, this study mapped quantitative trait loci (QTLs) defining fibre length and lignin content in the Arabidopsis recombinant inbred line population Col-4 × Ler-0. Adapting high-throughput phenotyping techniques for both traits for measurements in Arabidopsis inflorescence stems identified significant QTLs for fibre length on chromosomes 2 and 5, as well as one significant QTL affecting lignin content on chromosome 2. For fibre length, total variation within the population was 208% higher than between parental lines and the identified QTLs explained 50.58% of the observed variation. For lignin content, the values were 261 and 26.51%, respectively. Bioinformatics analysis of the associated intervals identified a number of candidate genes for fibre length and lignin content. This study demonstrates that molecular mapping of QTLs pertaining to wood and fibre properties is possible in Arabidopsis, which substantially broadens the use of Arabidopsis as a model species for the functional characterization of plant genes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,018
Score d'incertitude au seuil0,377

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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