One hit, two hits, three hits, more? Genomic changes in the development of retinoblastoma
Notice bibliographique
Résumé
The childhood eye cancer retinoblastoma is initiated by the loss of both alleles of the prototypic tumor suppressor gene, RB1. However, a large number of cytogenetic and comparative genomic hybridization (CGH) studies have shown that these M1 and M2 mutational events--although necessary for initiation--are not the only genomic changes in retinoblastoma. Some of these subsequent changes, which we have termed M3 to Mn, are likely crucial for tumor progression not only in retinoblastoma but also in other cancers. Moreover, genes showing genomic change in cancer are more stable markers and, therefore, possible therapeutic targets than genes simply differentially expressed. In this review, we provide the first comprehensive summary of the genomic evidence implicating gain of 1q, 2p, 6p, and 13q, and loss of 16q in retinoblastoma oncogenesis, including karyotype, CGH, and microarray CGH data. We discuss the search for candidate oncogenes and tumor suppressor genes within these regions, including the candidates (KIF14, MDM4, MYCN, E2F3, DEK, CDH11, and others), plus associations between genomic changes and clinical parameters. We also review studies of other regions of the retinoblastoma genome, the epigenetic changes of aberrant methylation of MGMT, RASSF1A, CASP8, and MLH1, and the roles microRNAs might play in this cancer. Although many candidate genes have yet to be functionally validated in retinoblastoma, work in this field lays out a molecular cytogenetic pathway of retinoblastoma development. Candidate cancer genes carry diagnostic, prognostic, and therapeutic implications beyond retinoblastoma.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».