Evidence for a Hybrid Genomic Island in Verocytotoxin-Producing <i>Escherichia coli</i> CL3 (Serotype O113:H21) Containing Segments of EDL933 (Serotype O157:H7) O Islands 122 and 48
Notice bibliographique
Résumé
Genomic O island 122 (OI-122) of the verocytotoxin-producing Escherichia coli (VTEC) strain EDL933 contains four putative virulence genes, Z4321, Z4326, Z4332, and Z4333. However, strain CL3 (serotype O113:H21) contains only Z4321, not the other three genes. To determine whether Z4321 is part of a different genomic island in CL3, a region of 27,293 bp up- and downstream of Z4321 was sequenced and found to contain elements of two different EDL933 genomic islands (OI-48 and OI-122) and a Yersinia pestis-like hemolysin/adhesin gene cluster. The region contained OI-48 genes Z1635, Z1636, and Z1637 at the left terminus and Z1641, Z1642, Z1643, and Z1644 at the right. The middle portion consisted of OI-48 gene Z1640, which was separated into three fragments by genomic segments including the Y. pestis cluster and EDL933 OI-122 genes Z4322, Z4321, and Z4318. In a PCR investigation of 36 VTEC strains of different serotypes, intact Z1640 was present in strains of serotypes O157:H7, O26:H11, O103:H2, O111:NM, and O145:NM, which are associated with hemolytic uremic syndrome and outbreaks. In contrast, fragmented Z1640 was seen in strains of nonepidemic serotypes, such as O91:H21 and O113:H21, and in animal serotypes that have not been associated with human disease, indicating that Z1640 might be a virulence gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».