The MHC of the Duck (<i>Anas platyrhynchos</i>) Contains Five Differentially Expressed Class I Genes
Notice bibliographique
Résumé
MHC class I proteins mediate a variety of functions in antiviral defense. In humans and mice, three MHC class I loci each contribute one or two alleles and each can present a wide variety of peptide Ags. In contrast, many lower vertebrates appear to use a single MHC class I locus. Previously we showed that a single locus was predominantly expressed in the mallard duck (Anas platyrhynchos) and that locus was adjacent to the polymorphic transporter for the Ag-processing (TAP2) gene. Characterization of a genomic clone from the same duck now allows us to compare genes to account for their differential expression. The clone carried five MHC class I genes and the TAP genes in the following gene order: TAP1, TAP2, UAA, UBA, UCA, UDA, and UEA. We designated the predominantly expressed gene UAA. Transcripts corresponding to the UDA locus were expressed at a low level. No transcripts were found for three loci, UBA, UCA, and UEA. UBA had a deletion within the promoter sequences. UCA carried a stop codon in-frame. UEA did not have a polyadenylation signal sequence. All sequences differed primarily in peptide-binding pockets and otherwise had the hallmarks of classical MHC class I alleles. Despite the presence of additional genes in the genome, the duck expresses predominantly one MHC class I gene. The limitation to one expressed MHC class I gene may have functional consequences for the ability of ducks to eliminate viral pathogens, such as influenza.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».