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Enregistrement W2135536555 · doi:10.1136/amiajnl-2012-001075

MEDLINE clinical queries are robust when searching in recent publishing years

2012· article· en· W2135536555 sur OpenAlexafffund
Nancy L Wilczynski, K. Ann McKibbon, Stephen D. Walter, Amit X. Garg, R. Brian Haynes

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Medical Informatics Association · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBiomedical Text Mining and Ontologies
Établissements canadiensHamilton Health SciencesWestern UniversityMcMaster University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésPublishingComputer scienceMEDLINEInformation retrievalData scienceWorld Wide WebPolitical science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: To determine if the PubMed and Ovid MEDLINE clinical queries (which were developed in the publishing year 2000, for the purpose categories therapy, diagnosis, prognosis, etiology, and clinical prediction guides) perform as well when searching in current publishing years. METHODS: A gold standard database of recently published research literature was created using the McMaster health knowledge refinery (http://hiru.mcmaster.ca/hiru/HIRU_McMaster_HKR.aspx) and its continuously updated database, McMaster PLUS (http://hiru.mcmaster.ca/hiru/HIRU_McMaster_PLUS_projects.aspx). This database contains articles from over 120 clinical journals that are tagged for meeting or not meeting criteria for scientific merit and clinical relevance. The clinical queries sensitive ('broad') and specific ('narrow') search filters were tested in this gold standard database, and sensitivity and specificity were calculated and compared with those originally reported for the clinical queries. RESULTS: In all cases, the sensitivity of the highly sensitive search filters and the specificity of the highly specific search filters did not differ substantively when comparing results derived in 2000 with those derived in a more current database. In addition, in all cases, the specificities for the highly sensitive search filters and the sensitivities for the highly specific search filters remained above 50% when testing them in the current database. DISCUSSION: These results are reassuring for modern-day searchers. The clinical queries that were derived in the year 2000 perform equally well a decade later. CONCLUSION: The PubMed and Ovid MEDLINE clinical queries have been revalidated and remain a useful public resource for searching the world's medical literature for research that is most relevant to clinical care.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,190
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,716
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,810
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1900,716
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,003
Bibliométrie0,0640,069
Études des sciences et des technologies0,0020,003
Communication savante0,0180,020
Science ouverte0,0040,007
Intégrité de la recherche0,0040,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0080,006

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,336
Écart entre enseignants0,299 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeObservationnel
DomaineMéthodes
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2012
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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