An Expanded WW Domain Recognition Motif Revealed by the Interaction between Smad7 and the E3 Ubiquitin Ligase Smurf2
Notice bibliographique
Résumé
Smurf2 is an E3 ubiquitin ligase that drives degradation of the transforming growth factor-beta receptors and other targets. Recognition of the receptors by Smurf2 is accomplished through an intermediary protein, Smad7. Here we have demonstrated that the WW3 domain of Smurf2 can directly bind to the Smad7 polyproline-tyrosine (PY) motif. Of particular interest, the highly conserved WW domain binding site Trp, which interacts with target PY motifs, is a Phe in the Smurf2 WW3 domain. To examine this interaction, the solution structure of the complex between the Smad7 PY motif region (ELESPPPPYSRYPMD) and the Smurf2 WW3 domain was determined. The structure reveals that, in addition to binding the PY motif, the WW3 domain binds six residues C-terminal to the PY motif (PY-tail). Although the Phe in the WW3 domain binding site decreases affinity relative to the canonical Trp, this is balanced by additional interactions between the PY-tail and the beta1-strand and beta1-beta2 loop of the WW3 domain. The interaction between the Smurf2 WW3 domain and the Smad7 PY motif is the first example of PY motif recognition by a WW domain with a Phe substituted for the binding site Trp. This unusual interaction allows the Smurf2 WW3 domain to recognize a subset of PY motif-containing proteins utilizing an expanded surface to provide specificity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».